Quelques semaines après la parution du décret n°2011-1000 du 25 août 2011, le CMP est à nouveau modifié par le décret n°1104 du 14 septembre 2011. En effet, le CMP se voit adjoindre une troisième partie, consacrée aux marchés de la défense et de la sécurité (sujet anecdotique pour les collectivités territoriales). Cependant, le gouvernement a profité de ce décret Défense pour opérer deux modifications à la première partie du code.
Tout d’abord, l’article 53 du CMP est enrichi de nouveaux critères. Désormais, le pouvoir adjudicateur pourra également prendre en considération : « les coûts tout au long du cycle de vie » (critère qui permet d’intégrer « la mort » du bien, c’est-à-dire son enlèvement, sa destruction, éventuellement les conséquences en matière de de remise en état du site), ainsi que « la sécurité d’approvisionnement, l’interopérabilité et les caractéristiques opérationnelles ».
Le décret modifie également l’article 114 du CMP relatif à la sous-traitance. Désormais, lorsque celle-ci intervient au moment du dépôt de l’offre, le candidat doit fournir au pouvoir adjudicateur, en plus de la déclaration mentionnant les capacités professionnelles et financières du sous-traitant, une déclaration de ses capacités techniques.